На условиях договоров и соглашений о взаимодействии на территории парка проводятся и планируются научно-исследовательские работы сотрудниками организаций:
Федеральное государственное бюджетное учреждение науки «Институт биологии внутренних вод им. И.Д. Папанина» Российской академии наук. (ИБВВ РАН);
Всероссийский НИИ Пресноводного Рыбного Хозяйства (ФГУП «ВНИИПРХ»);
«Ярославский областной центр по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды» (ФГБУ «Ярославский ЦГМС»);
МГУ им. Ломоносова, факультет почвоведения;
МГУ леса, факультет ботаники и физиологии растений;
Ярославский государственный университет им. Демидова;
Ярославский педагогический государственный университет им. К.Д. Ушинского;
Учреждение Российской академии наук Главный ботанический сад им. Н.В. Цицина РАН (ГБС РАН).